物种累积曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度，在生物多样性和群落调查中，被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。

一般而言，在样本量较少的情况下，随着样本数量的增加，将有较大可能性发现大量新的物种，此时曲线呈急剧上升状态；当样本数量已经较大时，此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加，曲线将趋于平缓。

因此，通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分：若曲线始终保持上升趋势，则表明样本量不足，反之，则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下，运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。

library(vegan)

otu <- read.delim('feature-table_taxonomy.txt', row.names = 1, sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)
otu=otu[,-dim(otu)[2]]
otu=t(otu)

sp <- specaccum(otu, method = 'random')
summary(sp)

#作图展示
plot(sp, ci.type = 'poly', col = 'blue', lwd = 2, ci.lty = 0, ci.col = 'lightblue')
boxplot(sp, col = 'yellow', add = TRUE, pch = '+')

如图，随着取样样本数量逐渐增加，所观测到的物种种类也不断增加。当曲线趋近平缓时，代表群落中的物种接近全部被观测到；反之不饱和，还需继续观测更多的样本数量。